| Site | Type | Superficie (ha) | Fiche | Coordonnées | Photo |
| Bassin du Drugeon | SIC | +06 704, | FR4301280 | 46° 51′ 22″ nord, 6° 13′ 28″ est |  |
| Combes Derniers | SIC | +00332, | FR4301281 | 46° 42′ 38″ nord, 6° 09′ 55″ est |  |
| Complexe de la Cluse et Mijoux | SIC | +00819, | FR4301299 | 46° 51′ 52″ nord, 6° 22′ 54″ est |  |
| Côte de Champvermol | SIC | +00156, | FR4301289 | 47° 25′ 38″ nord, 6° 47′ 43″ est | |
| Côte de Château-le-Bois et gouffre du Creux à Pépé | SIC | +00152, | FR4301301 | 47° 08′ 45″ nord, 5° 50′ 21″ est |  |
| Crêt des Roches | SIC | +00060, | FR4301288 | 47° 22′ 29″ nord, 6° 46′ 46″ est |  |
| Lac et tourbières de Malpas, Les Prés Partot et Le Bief Belin | SIC | +00154, | FR4301284 | 46° 50′ 06″ nord, 6° 17′ 41″ est |  |
| Massif du Mont-d'Or, du Noirmont et du Risol | SIC | +10 364, | FR4301290 | 46° 40′ 02″ nord, 6° 14′ 36″ est |  |
| Massif du Risoux | SIC | +01 843, | FR4301319 | 46° 32′ 17″ nord, 6° 05′ 48″ est |  |
| Moyenne vallée du Doubs | SIC | +06 269, | FR4301294 | 47° 16′ 55″ nord, 6° 08′ 10″ est |  |
| Réseau de cavités à barbastelles et grands rhinolophes de la vallée du Doubs (4 cavités) | SIC | +00042, | FR4301304 | 47° 18′ 08″ nord, 6° 12′ 13″ est | |
| Réseau de cavités à minioptères de Schreibers en Franche-Comté (15 cavités) | SIC | +00025, | FR4301351 | 47° 27′ 43″ nord, 5° 56′ 21″ est | |
| Tourbière des Cerneux-Gourinots et zones humides environnantes, Les Seignes des Guinots, Le Verbois | SIC | +00391, | FR4301287 | 47° 10′ 11″ nord, 6° 46′ 29″ est | |
| Tourbières et lacs de Chapelle-des-Bois et de Bellefontaine-les-Mortes | SIC | +00320, | FR4301309 | 46° 35′ 11″ nord, 6° 06′ 26″ est |  |
| Tourbières et ruisseaux de Mouthe, source du Doubs | SIC | +00124, | FR4301282 | 46° 42′ 20″ nord, 6° 12′ 06″ est |  |
| Vallons de la Drésine et de la Bonavette | SIC | +00790, | FR4301283 | 46° 46′ 20″ nord, 6° 15′ 40″ est |  |
| Vallées de la Loue et du Lison | SIC | +18 995, | FR4301291 | 47° 04′ 15″ nord, 6° 02′ 57″ est |  |
| Vallées du Dessoubre, de la Reverotte et du Doubs | SIC | +16 271, | FR4301298 | 47° 10′ 38″ nord, 6° 37′ 09″ est |  |
| Vallons forestiers, rivières, ruisseaux, milieux humides et temporaires de la forêt de Chaux | SIC | +01 885, | FR4301317 | 47° 04′ 18″ nord, 5° 39′ 08″ est | |
| Bassin du Drugeon | ZPS | +06 520, | FR4310112 | 46° 51′ 22″ nord, 6° 13′ 28″ est | |
| Forêt de Chaux | ZPS | +22 009, | FR4312005 | 47° 05′ 14″ nord, 5° 40′ 05″ est |  |
| Lac de Remoray | ZPS | +00316, | FR4310027 | 46° 46′ 28″ nord, 6° 15′ 49″ est | |
| Massif du Mont-d'Or, du Noirmont et du Risol | ZPS | +10 364, | FR4312001 | 46° 40′ 02″ nord, 6° 14′ 36″ est | |
| Massif du Risoux | ZPS | +01 843, | FR4312002 | 46° 32′ 17″ nord, 6° 05′ 48″ est | |
| Moyenne vallée du Doubs | ZPS | +06 309, | FR4312010 | 47° 16′ 53″ nord, 6° 08′ 10″ est | |
| Vallée de la Loue et du Lison | ZPS | +18 995, | FR4312009 | 47° 04′ 15″ nord, 6° 02′ 57″ est | |
| Vallées du Dessoubre, de la Reverotte et du Doubs | ZPS | +16 271, | FR4312017 | 47° 10′ 38″ nord, 6° 37′ 09″ est | |
| Combes Derniers | ZPS | +00332, | FR4312020 | 46° 42′ 38″ nord, 6° 09′ 55″ est | |
| Vallons de la Drésine et de la Bonavette | ZPS | +01 328, | FR4310027 | 46° 46′ nord, 6° 15′ 48″ est |  |
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