Farnerud spelade som ung i Landskrona BoIS födda 1980 tillsammans med Jacob Augustsson som också varit utlandsproffs, de bägge tillsammans med några lagkamrater spelade in den klassiska fotbolls filmen "Vän med bollen".
Den 3 februari 2012 skrev Farnerud på ett tvåårskontakt med IFK Göteborg.[2] I IFK har Farnerud på kort tid blivit populär och betraktas av många fans som den störste spelaren i klubben sedan Niclas Alexandersson. Hans tid i Göteborg har dock kommit att delvis spolieras av en kvarhängade höftskada.
Under hösten 2013 spekulerades i media om huruvida eller ej Farnerud skulle lägga skorna på hyllan på grund av höftproblemen. En Facebookgrupp med namnet "Vi vill ha Pontus Farnerud kvar" fick på några dagar över 3 tusen medlemmar. I november 2013 blev det dock klart att Farneruds höftproblem satte stopp för hans fortsatta karriär på hög nivå.
Den 20 augusti 2014 valde Farnerud att återuppta fotbollskarriären i division 5-klubben Glumslövs FF.[3] Han spelade en match för klubben i Division 5 2014.[4] Säsongen 2018 gjorde Farnerud comeback i division 5-klubben Öjersjö IF.[5] Han spelade två matcher och gjorde ett mål för klubben.[6]