Från VM 2017 till 2019 var Ekberg lagkapten för Sveriges landslag. Hans företrädare var Jonas Källman, som under en kort period var lagkapten efter att försvarsspecialisten Tobias Karlsson avslutat sin landslagskarriär i september 2016. I maj 2019 aviserade Ekberg att han tog en paus tills vidare från landslaget, på grund av familjeskäl.[2] Han återkom till landslaget 2021 i och med uttagningen till årets OS- och EM-kval. Han avslutade sin landslagskarriär 2023.[3]
3 oktober 2021 blev han med sitt 1333:e mål främste målskytt genom tiderna i THW Kiel i Bundesliga.[4]
Niclas Ekberg inledde karriären i IFK Ystad. Efter att 2009 ha kommit tvåa i elitseriens skytteliga med sina 188 mål, blev han vald till Årets komet och till sydöstra Skånes främsta idrottsutövare.[5] Han blev även tilldelad priset året därpå. 2009 gick han till lokalkonkurrenten Ystads IF och spelade där en säsong.
Perioden i THW Kiel inleddes med att man vann Bundesliga tre år i rad. Ekberg konkurrerade de första åren främst med tyske landslagsmannen Christian Sprenger. Ekberg fick dock mest speltid, och växte successivt till att bli en nyckelspelare även i det här laget.
I finalen i EM 2022, avgjorde Niclas Ekberg matchen på straffkast, Sverige vann med 27-26 mot Spanien. I VM 2023 kom han med i All Star Team som bäste högersexa.[8]