Europaparlamentsvalet i Belgien 1999 hölls den 13 juni 1999. Den holländskspråkiga väljarkåren utsåg 14 europaparlamentariker, den franskspråkiga 10 parlamentariker och den tyskspråkiga 1 parlamentariker för att representera Belgien i Europaparlamentet under mandatperioden 1999-2004. Valet var en del av Europaparlamentsvalet 1999. Samma dag hölls allmänna val och regionala val.
Parti/allians | Röster | % | +/− | Mandat | +/− |
| VLD | 847 099 | 21,88% | +3,52% | 3 | 0 |
| CVP | 839 720 | 21,68% | −5,75% | 3 | −1 |
| Vlaams Blok | 584 392 | 15,09% | +2,53% | 2 | 0 |
| SP | 550 237 | 14,21% | −3,42% | 2 | −1 |
| VU-ID | 471 238 | 12,17% | +5,08% | 2 | +1 |
| Agalev-Groen | 464 042 | 11,98% | +1,25% | 2 | +1 |
| Vivant | 67 107 | 1,73% | +1,73% | 0 | 0 |
| Övriga | 48 589 | 1,25% | -- | 0 | 0 |
- Alla partier med mer än 50 000 röster är listade.
Parti/allians | Röster | % | +/− | Mandat | +/− |
| PRL-FDF | 624 445 | 26,99% | +2,74% | 3 | 0 |
| PS | 596 567 | 25,78% | −4,66% | 3 | 0 |
| Ecolo | 525 316 | 22,70% | +9,68% | 3 | +2 |
| PSC | 307 912 | 13,31% | −5,50% | 1 | −1 |
| FN | 94 848 | 4,10% | −3,77% | 0 | −1 |
| Vivant | 55 133 | 2,38% | +2,38% | 0 | 0 |
| Övriga | 109 597 | 4,74% | -- | 0 | 0 |
- Alla partier med mer än 50 000 röster är listade.
Parti/allians | Röster | % | +/− | Mandat | +/− |
| CSP-EVP | 13 456 | 36,47% | +5,18 % | 1 | 0 |
| PFF | 7 234 | 19,60% | −0,46% | 0 | 0 |
| Ecolo | 6 276 | 17,01% | +2,11% | 0 | 0 |
| SP | 4 215 | 11,42% | +1,15% | 0 | 0 |
| PDB | 3 661 | 9,92% | −5,59% | 0 | 0 |
| Vivant | 1 198 | 3,25% | +3,25% | 0 | 0 |
| Övriga | 860 | 2,16% | -- | 0 | 0 |
- Alla partier med mer än 1 000 röster är listade.